Antes de la instauración de la profilaxis oftálmica tópica al nacer, la oftalmia gonocócica era una causa frecuente de ceguera o lesión ocular permanente en el área de neonatología. Si se aplica de manera correcta, esta forma de profilaxis es muy eficaz, a menos que la infección ya este presente al nacer. Se instilan directamente en los ojos gotas de eritromicina al 0.5% o nitrato de plata al 1% empleando contenedores monodosis de cera o plástico. No es necesario lavar con suero salino tras aplicar el nitrato de plata. Este no es eficaz en caso de infección activa. Otro agente profiláctico eficaz es la povidona yodada (solución al 2%).
La identificación y el tratamiento de las infecciones gonocócicas maternas forman parte de los cuidados prenatales estándar. Ni la profilaxis ni el tratamiento tópicos impiden la neumonía afebril que aparece en el 10% al 20% de los recién nacidos expuestos a Clamidya Trachomatis. Aunque la conjuntivitis por Clamidias a menudo son autolimitadas, la neumonía puede tener consecuencias graves. Es importante que los bebés con infección por clamidia reciban tratamiento sistémico. El tratamiento con eritromicina de las embarazadas colonizadas impiden la infección neonatal.
